距今约5000年前，云集着智者和贤达的神秘之岛亚特兰蒂斯大陆一夜之间沉没。大西洋底的波塞冬族向亚特兰蒂斯大陆的飞龙族发起进攻，在强大邪恶的攻势之下，飞龙族彻底覆灭。13年前，在日本的一个海边小村里有个渔夫，在海边一洞中发现一个婴儿，当他带出婴儿时见到了一只白海豚。13年后，婴儿成长为健壮的少年，而白海豚再次出现，随之而来的是巨大的海洋怪兽，为了不牵连村里的爷爷，为了查清自己的身世，阿钟带着飞龙神剑随白海豚去找海龟梅顿。在梅顿那得到父母遗言的阿钟却迷茫了，一度萌生放弃复仇的念头。但是最后面对波顿族的追杀，梅顿的牺牲使他终于明白了自己没有选择的余地。在逐渐掌握战斗之后，他开始向故乡大西洋进发。而一路上，他遇到的敌人和朋友，都和当年的两个种族之间有着密切的关系…
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