魔界树篇很久以前有一个星球，只有海洋以及一棵魔界树，孤独的魔界树渴望有倾诉的对象，于是诞下了魔界树人。起初，魔界树人对魔界树相当敬重，而魔界树亦善待魔界树人，双方相处得很融洽。但是随着魔界树人智慧的增长，他们为了争夺魔界树的能量而展开斗争，最终因为战斗而毁灭了自己的星球。最后生还的魔界树人与魔界树一同走遍整个宇宙，却找不到能够扎根的星球。魔界树人不断减少，最后只剩下两人－艾尔以及安。随着魔界树日渐在枯萎，艾尔和安从卡片中召唤怪物四处收集能量。前作故事结束了两个月后，美少女战士们仿佛忘却了那段记忆，以及众人之间那段深刻的友情，她们各自以一个普通的女生的身份生活。然而无忧无虑的时光对她们而言总是相当短暂，一株漂流在宇宙间的神秘植物「魔界树」与一对名叫「艾尔」和「安」的外星人突然一同降临地球上，为好不容易能在地球上过着平静生活的美少女战士们再度掀起波澜。「艾尔」和「安」从卡片中召唤怪物并以人类能量为食物。为了抵御这些攻击，露娜与阿提密斯恢复了水手服战士们的记忆。最终「艾尔」和「安」被击败，他们看到自己错误的方式，并把「魔界树」一并带回太空。在这些事件中，地场卫寻回他失去的记忆并开始跟阿兔发展恋爱关系。黑色月亮篇地球在某日突然进入冰封状态，地球上所有的生物都沉睡不起。直到30世纪，新倩妮蒂皇后利用银水晶力量，使地球得以苏醒过来，并以水晶东京作为地球的中心，由新倩妮蒂皇后及安迪米欧国王统治。后来有一股邪恶势力入侵水晶东京，却不敌于新倩妮蒂皇后而撤退。拒绝净化的人就到复仇女神行星居住。岂料复仇女神行星被一股神秘的负能量所笼罩，令他们得到一股强大的邪恶力量，黑月帝国就由此衍生。黑月帝国知道其力量不能毁灭30世纪的水晶东京，故回到20世纪，目的是为了寻找银水晶以改变未来，另一方面，由于30世纪的银水晶突然消失，使它除了水晶宫殿以外，四周变成一个死城。随着「魔界树」事件的完结，热恋中的小兔与阿卫在某日午后在十番町公园约会时，一名束着跟小兔同样发型但发色为粉红色的小女孩突然从天而降，并自称为小兔，为了分别二人，小女孩成为了小小兔。小小兔从未来而来，为寻找银水晶来拯救她的父母，然而一班新的敌人正试图杀害她。最终美少女战士们与燕尾服面侠跟着小小兔一起前往未来，小兔在那里被视为规管水晶东京的新倩妮蒂皇后。众人明白到小小兔实际上就是小兔与阿卫于未来的女儿，他们还遇见到守卫着时空之门的冥王星仙子。最终，战士们跟黑月帝国的智者作战，黑月帝国的目的是摧毁地球。小小兔能够召唤未来的银水晶以帮助毁灭智者。随后，小小兔回到其所属的未来，摆脱了黑月帝国的腐败。