黑暗女王复活篇　　阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮亚控制，带走了。阿卫因为失去本性，不再爱阿兔，令他们的爱情结晶豆钉兔也慢慢消失。本来要变成Eternal Sailormoon是要靠眾人之力的，但阿兔救阿卫和豆钉兔心切，竟能独自变成Eternal Sailormoon，自己一个去纳美妮亚那里救人。其他战士也跟著追去，其间被纳美妮亚把她们分开，各个击破，封印在镜中。阿兔终於找到纳美妮亚和迷迷糊糊的阿卫，SuperSailorChibimoon就在阿兔的怀内消失。纳美妮亚诉说自己悲惨的过去，阿兔听了，只感到同情、可怜她，不再憎恨她，愿意让她报复，阿兔相信眾人都会愿意和纳美妮亚做朋友的。被封印的眾战士和阿卫都感动落泪，所有的封印解除，SuperSailorChibimoon亦重现世上。眾战士集合力量，阿兔变成Eternal Sailormoon，引导纳美妮亚找回她真正的梦想。　　嘉拉西亚篇　　阿卫要去美国留学，临走前送了一隻订婚戒指给阿兔，二人难舍难离。阿卫上机后，一道强光向他的飞机袭来...就在阿兔送别阿卫时，在机场出现了最新的人气组合---星光三剑侠(ThreeLights)，成员包括星野光、大气光和夜天光。星野和阿兔、阿卫擦身而过，他被阿兔吸引住了。新敌人袭击人类，要找出拥有真正星宿种子的人，但这次的敌人竟然也是美少女战士! 除此之外，又有三位来历不明的美少女战士SailorStarLights出现，她们有时会帮助内部战士。星光三剑侠转校来到十番高中，还坐到阿兔她们的附近。对阿兔有好感的星野，经常和阿兔在一起，而阿兔也对他渐生好感。经过一轮战斗，内部战士和SailorStarLights对彼此的认识加深了，阿兔正想和她们共同作战，外部战士突然归来，并反对和SailorStarLights合作。一天，神秘的小女孩小兔子从天而降，她令阿兔的家人相信她是阿兔的妹妹，从此寄住月野家。小兔子的真正身份没人知道，不过人人都喜欢她。在一次作战中，Eternal Sailormoon的权杖跌在地上，小兔子拾起它时，发出一道温暖的光，小兔子并变身成美少女战士SailorChibiChibimoon。这一道光引起了SailorStarLights和嘉拉西亚的注意。阿兔变身时不慎被敌人见到，敌人於是利用星光三剑侠飞机上的试映会作陷阱，引阿兔到来。在飞机上，为了救阿兔，星野不惜揭穿自己的真正身份 -- SailorStarFighter，也要保护阿兔。星光三剑侠就是SailorStarLights，内部战士的身份也被揭穿。敌人在战斗中偷袭 Eternal Sailormoon，星野扑上去替她挡下那一击，身受重伤。另一方面，小兔子拾得一个红色的香炉，内里有时会有一隻红色的蝴蝶出来飞舞。星光三剑侠发现了那香炉，确定那香味就是他们一直找寻的公主 -- 火球公主独有的气味，便想逼小兔子交出香炉。这时候，敌人出现以黑洞要胁，要夺走阿兔的星宿种子，阿兔为了大家的安全，无奈接受。因为敌人内鬨，黑洞被释放，阿兔和小兔子也被捲了进去。危急关头，小兔子手上的香炉发出强光，火球公主出现。火球公主讲述远古时代的美少女战士大战传说，请求大家帮助找寻希望之光。就在找寻希望之光的星光三剑侠演唱会上，敌人首脑嘉拉西亚出现，杀死了火球公主。美少女战士查出了敌人大本营在银河电视台，美少女战士各自出发，找嘉拉西亚作最后决战。SailorStarLights首先来到，内部战士也在SailorChibiChibimoon的帮助下来到。嘉拉西亚突然攻击，要夺取Eternal Sailormoon和SailorStarLights的星宿种子，内部四战士以身相挡，救了她们，自己则消失。嘉拉西亚对Eternal Sailormoon证实是她杀死阿卫的，Eternal Sailormoon情绪完全失控。外部战士明白自己的力量不及嘉拉西亚，於是想用计骗得嘉拉西亚的信任，乘机把她的星宿种子打出来。首先要牺牲的是 SuperSailorPluto和SuperSailorSaturn，Eternal Sailormoon误以为SuperSailorUranus和SuperSailorNeptune出卖同伴。外部战士的苦肉计因为嘉拉西亚没有星宿种子而宣告失败，SuperSailorUranus和SuperSailorNeptune也消失了。战斗到此，地球上的战士就只剩下Eternal Sailormoon一人，她失去了斗志。经SailorStarLights的鼓励回复斗志的她，再战嘉拉西亚，却惊闻嘉拉西亚就是传说最强的美少女战士 -- Sailor Galaxia! 嘉拉西亚在远古大战后，释放出她的星宿种子 -- 希望之光，然后身体就逐渐被体内的恶魔混沌侵佔了。SailorChibiChibimoon听完，掉下眼泪，原来她就是希望之光，现在觉醒化成封印之剑，请求阿兔用它来拯救银河系。阿兔犹豫，最终还是拿起剑，刺伤嘉拉西亚，不过封印之剑也被嘉拉西亚斩碎，SailorChibiChibimoon消失。阿兔相信仍留嘉拉西亚内心的希望碎片，伸出手飞向嘉拉西亚。